基本操作
由于是进化到了3D形态，马力欧的动作也丰富了很多：
操作摇杆：操作马力欧移动。
A键：跳跃、阅读、交谈、翻页等。
B键：攻击、举起、投掷、翻页等。
Z键：下蹲等。
C上下键：控制视点的远近。
C左右键：旋转视点。
R键：切换成马力欧或朱盖木的视点。
START键：暂停游戏，可以查看力量之星获得情况。在壁画世界中暂停后可以选择“退出”离开这个世界，以及“使用R键设定视角”。
基本动作
走动与跑动：用摇杆操作，移动速度由摇杆的倾斜幅度决定。
爬行：蹲下时，移动摇杆。
游泳：左右控制马力欧回旋，上下控制升降。连续按A键快速前进，按住A键慢速前进。
飞行：只有得到飞行帽后才能飞行。左右控制马力欧回旋，上下控制升降，Z键降落。
滑行：左右控制方向，按上加速，向下减速。
倒立：攀登到树木或长杆的顶端，再按上就会进行倒立，此时可以按A键向马力欧背部对着的方向跳跃。
举起：靠近物体按B键举起来，注意有些敌人是无法举起来的。
投掷：举着物体的时候按B键扔出去。
攻击动作
拳击：按B键。
组合攻击：连按三下B键。
踩：马力欧最经典的动作，跳到敌人头上即可。注意有些敌人无法踩死。
重击地面：跳起后按Z键。
滑行攻击：跑动时按A键。
跳踢：跳起后按B键。
扫堂腿：下蹲时按B键。
铲腿：跑动时按Z蹲下，紧接着按B键。
跳跃技巧
常规跳：按A键。
连续跳：按A键起跳、落地瞬间再次起跳，可以比平时跳地更高。
三级跳：移动时按A键起跳，落地瞬间再次起跳，然后再重复一次就可以完成，能跳地更高更远。
侧空翻：向一个方向移动，然后急转身，在转身时按A键起跳。
踢墙跳：朝墙壁的方向跳起，碰到墙壁时再次按A键跳跃，需要把握时机。
后空翻：按住Z键蹲下后按A键起跳，可以向后跃上高处。
远跳：移动时按Z键蹲下，紧接着按A键，能跳的非常远。
道具介绍
黄色硬币：最普遍的通货，不但可以增加一格能量，而且每关结束后，每50枚就能够增加一条生命，每关收集了100枚后更会获得一颗力量之星。
蓝色硬币：相当于五枚黄色硬币，通常在重击蓝币开关后出现。
红色硬币：相当于两枚黄色硬币，并且在收集了八枚红色硬币后会获得一颗力量之星。
旋转心：穿过旋转心可以恢复马力欧失去的能量。穿过的速度越快，恢复的越多。
加命蘑菇：会在！砖块内或隐藏地点出现，取得后可以增加一条生命。
龟壳：踩掉喏库喏库背上的壳或者找到闪光龟壳，然后可以乘上它穿越水面或斜坡，撞到障碍就会掉下来。
！砖块：里面藏有力量之星和加命蘑菇。
在打开隐藏在城内的三种机关后，原来有些空心的！砖块会变成红、绿、蓝三种实心砖块。再去顶它们就会出现特殊的帽子，取得后能够使马力欧在一定时间内具有特殊能力：
飞行帽：使马力欧能够在天空飞翔。可以用三级跳或大炮起飞。
金属帽：使马力欧化身为铁人。可以在激流中前进，并且刀枪不入，就连毒气也不怕。
隐身帽：使马力欧变为隐身人。可以穿过一些栅栏和特殊墙壁。
注意：也会有敌人来抢夺马力欧的帽子。失去了帽子不但让马力欧看上去垂头丧气，就连伤害也会增加一倍，赶快从秃鹫强哥、雪人、小猴呦奇这些敌人手里将帽子夺回来吧。
玩前必读
1.游戏的流程主要是收集力量之星。得到的星星越多，就能够打开越多门扉，前往新的壁画世界。门扉上的数字表示开门所需要的力量之星的数量。在得到8、30、70颗力量之星后可以与酷霸王进行决战，最后一次打败酷霸王就可以结束游戏。
2.发现力量之星的方式多种多样。游戏共有十五个壁画世界，每个世界有六颗力量之星，获得100枚硬币后还会额外获得一颗，另外在城堡中还有15颗隐藏的力量之星。总计120颗，全部找到会有意外的惊喜。
3.每关中的力量之星都有自己的名称，可以联系名称提示去探索，但无需按照先后顺序拿取。
4.在进入关卡后能够选择已经获得的力量之星。由于每颗对应的环境有所不同，因此恰当的选择会对获得其它力量之星起到帮助。
5.多多阅读游戏中的提示木牌，多与协助玩家的蘑菇小子奇诺比奥与红色炸弹兵交谈获得提示。
6.看见木桩要围着它绕绕圈，或者用重击将其打入地面，也许会有意外惊喜。
7.许多关卡中隐藏着传送点，马力欧在此站立不动就能够瞬间转移到另一个地方，要好好利用。
8.最重要的一点，要有百折不挠英勇不屈的纯游戏主义精神！
冒险开始，let's go!